Class BlastHspBuilder

Method Details

• setHspNum

  public BlastHspBuilder setHspNum(int hspNum)

• setHspBitScore

  public BlastHspBuilder setHspBitScore(double hspBitScore)

• setHspScore

  public BlastHspBuilder setHspScore(int hspScore)

• setHspEvalue

  public BlastHspBuilder setHspEvalue(double hspEvalue)

• setHspQueryFrom

  public BlastHspBuilder setHspQueryFrom(int hspQueryFrom)

• setHspQueryTo

  public BlastHspBuilder setHspQueryTo(int hspQueryTo)

• setHspHitFrom

  public BlastHspBuilder setHspHitFrom(int hspHitFrom)

• setHspHitTo

  public BlastHspBuilder setHspHitTo(int hspHitTo)

• setHspQueryFrame

  public BlastHspBuilder setHspQueryFrame(int hspQueryFrame)

• setHspHitFrame

  public BlastHspBuilder setHspHitFrame(int hspHitFrame)

• setHspIdentity

  public BlastHspBuilder setHspIdentity(int hspIdentity)

• setHspPositive

  public BlastHspBuilder setHspPositive(int hspPositive)

• setHspGaps

  public BlastHspBuilder setHspGaps(int hspGaps)

• setHspAlignLen

  public BlastHspBuilder setHspAlignLen(int hspAlignLen)

• setHspQseq

  public BlastHspBuilder setHspQseq(String hspQseq)

• setHspHseq

  public BlastHspBuilder setHspHseq(String hspHseq)

• setHspIdentityString

  public BlastHspBuilder setHspIdentityString(String hspIdentityString)

• setPercentageIdentity

  public BlastHspBuilder setPercentageIdentity(Double percentageIdentity)

• setMismatchCount

  public BlastHspBuilder setMismatchCount(Integer mismatchCount)

• createBlastHsp

  public org.biojava.nbio.core.search.io.blast.BlastHsp createBlastHsp()