Tal como na maioria das práticas contabilísticas, existem várias formas diferentes de configurar as contas de depreciação. Apresentaremos aqui um método geral que deverá ser suficientemente flexível para lidar com a maioria das situações. A primeira conta de que necessitará é uma Custo do activo (no GnuCash tipo de conta Activo), que é simplesmente o sítio onde se grava a compra original do activo. Normalmente esta compra é realizada através de uma transacção a partir da sua conta bancária.

A fim de acompanhar a depreciação do bem, serão necessárias duas contas de depreciação. A primeira é Depreciação acumulada, conta na qual se pode recolher a soma de todos os montantes da depreciação e conterá valores negativos. No GnuCash isto é um tipo de conta Activo. A Depreciação acumulada é saldada por uma conta Despesa de depreciação, na qual todas as despesas de depreciação periódica são registadas. No GnuCash este é um tipo de conta Despesa.

Abaixo encontra-se uma hierarquia de contas genérica para acompanhar a depreciação de dois activos, ITEM1 e ITEM2. As contas >Custo do activo contas são saldadas pela conta Banco, a Depreciação acumulada é saldada pela conta Despesas:Depreciação.

-Activos
   -Activos fixos
      -ITEM1
         -Custo (Conta Custo do activo)
         -Depreciação (Conta Depreciação acumulada)
      -ITEM2
         -Custo (Conta Custo do activo)
         -Depreciação (Conta Depreciação acumulada)
   -Activo actual
      -Banco
-Despesa
   -Depreciação (conta Despesas de depreciação)

Uma das características da hierarquia de contas mostradas acima é que pode ver facilmente alguns importantes valores sumários sobre o seu activo depreciado. O total da conta Activo:Activos fixos:ITEM1 mostra-lhe o valor estimado actual para o ITEM1, a conta AActivos:Activos fixos:ITEM1:Custo mostra-lhe aquilo que pagou inicialmente pelo ITEM1, ACtivos:Activos fixos:ITEM1:Depreciação mostra-lhe a depreciação acumulada do ITEM1 e, finalmente, Despesas:Depreciação demonstra a depreciação total acumulada de todos os seus activos.

É certamente possível utilizar uma hierarquia de contas diferente. Uma configuração de conta popular é a de combinar Custo do activo e Depreciação imputada. Isto tem a vantagem de ter menos contas a sobre-carregar a sua hierarquia de contas, mas com a desvantagem de que para determinar alguns dos detalhes sumários mencionados no parágrafo acima, terá de abrir as janelas dos diários de conta. Como acontece com a maioria das coisas, há muitas maneiras de o fazer, terá de encontrar a maneira que funcione melhor para si.

A entrada efectiva dos montantes da depreciação é feita manualmente em cada período contabilístico. Não há (até agora) forma para executar automaticamente os cálculos do esquema de depreciação no GnuCash, ou para inserir os valores automaticamente nas contas apropriadas. No entanto, uma vez que um período contabilístico é tipicamente de um ano, não é realmente muito trabalho à mão.