De paket som finns installerad uppfyller profilen som valdes i installationen, men inte nödvändigtvis för användningen som maskinen verkligen skall användas för. Om så kanske du önskar använda ett verktyg kallad pakethanterare för att finjustera valet av installerade paket. De två mest vanliga verktygen (vilket installerats ifall profilen "Debian skrivbordsmiljö" valdes) är apt (åtkommlig via terminalen) och synaptic ("Synaptic Pakethanterare" i menyer).

För att underlätta installation av sammankopplade program har Debian skapat "uppgifter" som tillägnas specifika användarscenarion (mailserver, filserver, m.m.). Du har redan haft möjlighet att välja dessa under installationen och du kan använda dig av dem igen genom pakethanterarverktyg så som aptitude (uppgifterna listas i en sepparat sektion) och synaptic (genom meny Ändra → Markera Paket inom Uppgift...).

Aptitude är ett gränssnitt för APT i fullskärm-textläge. Det tillåter användaren att bläddra i listan av tillgängliga paket enligt flertalet kategorier (installerade eller inte installerade paket, uppgift, sektion och så vidare), samt visa all tillgänglig information för respektive paket (beroendepaket, konflikter, beskrivning och så vidare). Varje paket kan markeras "installera" (skall installeras, tangent +) eller "avinstallera" (skall avinstalleras, tangent -). Alla valda operationer kommer utföras samtidigt så fort du bekräftat valen genom att ange tangenten g (g för "gå!"). Om du glömde några program så är det inga bekymmer, du kommer kunna köra aptitude igen så fort den tidigare installationen har slutförts.

Of course, it is possible not to select any task to be installed. In this case, you can manually install the desired software with the apt or aptitude command (which are both accessible from the command line). The packages can be found using the apt-cache search task keyword command.

Att initialt använda kommandot apt upgrade (ett kommando som används för att automatiskt uppgradera installerade program) är generellt rekommenderat, i synnerhet för att installera möjliga säkerhetsuppdateringar som släppts sen lanseringen av senaste stabila utgåvan av Debian. Dessa uppdateringar kan komma att involvera ytterligare frågor genom debconf, Debians standardkonfigurationsverktyg. För ytterligare information kring dessa uppdateringar hanterad av apt, vänligen se Avsnitt 6.2.3, ”Systemuppgradering”.