De geïnstalleerde pakketten komen overeen met de profielen gekozen tijdens de installatie, maar niet noodzakelijk aan het actuele gebruik van de machine. Als zodanig wil je misschien een pakket beheers gereedschap gebruiken om de selectie van geïnstalleerde pakketten te verfijnen. De twee meest gebruikte gereedschappen (welke geïnstalleerd worden als het “Debian desktop omgeving” pofiel gekozen is) zijn apt (beschikbaar vanaf de commando regel) en synaptic (“Synaptic Pakketbeheer” in de menu's).

Om de installatie van coherente programma's te faciliteren, creëert Debian “taken” die toegewijd zijn aan specifieke gebruiken (email server, bestandsserver, enz.). Je hebt al de mogelijkheid gehad om ze te selecteren tijdens de installatie en je kan ze opnieuw bereiken dankzij de pakketbeheers programma's zoals aptitude (de taken zijn opgelijst in een aparte sectie) en synaptic (via het menu Bewerken → Pakketten markeren op taken…).

Aptitude is een interface voor APT in volledig-scherm tekst modus. Het laat de gebruiker toe te bladeren door lijsten van beschikbare pakketten volgens de verschillende categorieën (geïnstalleerd of niet geïnstalleerde pakketten, volgens taak, volgens selectie, enz.), en om all de beschikbare informatie voor ieder van hen (afhankelijkheden, conflicten, omschrijving, enz.) weer te geven. Ieder pakket kan gemarkeerd worden met “installeren” (te installeren, + toets) of “verwijder” (te verwijderen, -“install” toets). All deze bewerkingen worden simultaan uitgevoerd eenmaal je ze bevestigd hebt door op de g toets (“g” voor “go!”) te drukken. Als je sommige programma's bent vergeten, geen zorden; je zult aptitude opnieuw kunnen uitvoeren eenmaal de eerste installatie voltooid is.

Of course, it is possible not to select any task to be installed. In this case, you can manually install the desired software with the apt or aptitude command (which are both accessible from the command line). The packages can be found using the apt-cache search task keyword command.

Een eerste apt-upgrade (een commando gebruikt om geïnstalleerde programma's automatisch te updaten) is in het algemeen noodzakelijk, vooral voor mogelijke beveiligings-updates uitgegeven sinds de vrijgave van de laatste stabiele Debian versie. Deze updates kunnen vragen door debconf, het standaard Debian configuratie gereedschap, bevatten. Voor verdere informatie over deze updates uitgevoerd door apt, kijk a.u.b. op Paragraaf 6.2.3, “Systeem Opwaarderen”.