typeSearchIndex = [{"l":"All Classes","url":"allclasses-index.html"},{"p":"bref","l":"AsIsBref3Writer"},{"p":"vcf","l":"BasicGT"},{"p":"vcf","l":"BasicGTRec"},{"p":"vcf","l":"BasicMarker"},{"p":"phase","l":"BasicPhaseStates"},{"p":"blbutil","l":"BGZIPOutputStream"},{"p":"blbutil","l":"BitArray"},{"p":"vcf","l":"BitArrayGTRec"},{"p":"vcf","l":"BitArrayRefGTRec"},{"p":"blbutil","l":"BlockLineReader"},{"p":"bref","l":"Bref3"},{"p":"bref","l":"Bref3It"},{"p":"bref","l":"Bref3Reader"},{"p":"bref","l":"BrefBlock"},{"p":"bref","l":"BrefWriter"},{"p":"ints","l":"CharArray"},{"p":"beagleutil","l":"ChromIds"},{"p":"beagleutil","l":"ChromInterval"},{"p":"imp","l":"CodedSteps"},{"p":"phase","l":"CodedSteps"},{"p":"beagleutil","l":"CompHapSegment"},{"p":"bref","l":"CompressBref3Writer"},{"p":"blbutil","l":"Const"},{"p":"blbutil","l":"DoubleArray"},{"p":"vcf","l":"DuplicatesGTRec"},{"p":"phase","l":"EstPhase"},{"p":"blbutil","l":"FileIt"},{"p":"blbutil","l":"FileUtil"},{"p":"blbutil","l":"Filter"},{"p":"vcf","l":"FilterUtil"},{"p":"phase","l":"FixedPhaseData"},{"p":"blbutil","l":"FloatArray"},{"p":"blbutil","l":"FloatList"},{"p":"phase","l":"FwdPbwtPhaser"},{"p":"vcf","l":"GeneticMap"},{"p":"vcf","l":"GT"},{"p":"vcf","l":"GTRec"},{"p":"vcf","l":"VcfRecGTParser.HapListRep"},{"p":"imp","l":"HaplotypeCoder"},{"p":"phase","l":"HmmParamData"},{"p":"phase","l":"HmmStateProbs"},{"p":"phase","l":"HmmUpdater"},{"p":"phase","l":"Ibs2"},{"p":"phase","l":"Ibs2Markers"},{"p":"phase","l":"Ibs2Sets"},{"p":"imp","l":"ImpData"},{"p":"imp","l":"ImpIbs"},{"p":"imp","l":"ImpLS"},{"p":"imp","l":"ImpLSBaum"},{"p":"imp","l":"ImpStates"},{"p":"imp","l":"ImputedRecBuilder"},{"p":"imp","l":"ImputedVcfWriter"},{"p":"ints","l":"IndexArray"},{"p":"blbutil","l":"InputIt"},{"p":"ints","l":"IntArray"},{"p":"vcf","l":"IntervalVcfIt"},{"p":"beagleutil","l":"IntInterval"},{"p":"ints","l":"IntIntMap"},{"p":"ints","l":"IntList"},{"p":"phase","l":"LowFreqPbwtPhaseIbs"},{"p":"phase","l":"LowFreqPhaseIbs"},{"p":"phase","l":"LowFreqPhaseStates"},{"p":"vcf","l":"LowMafDiallelicGTRec"},{"p":"vcf","l":"LowMafGTRec"},{"p":"vcf","l":"LowMafRefDiallelicGTRec"},{"p":"vcf","l":"LowMafRefGTRec"},{"p":"main","l":"Main"},{"p":"vcf","l":"Marker"},{"p":"phase","l":"MarkerCluster"},{"p":"vcf","l":"MarkerContainer"},{"p":"vcf","l":"MarkerIndices"},{"p":"vcf","l":"MarkerMap"},{"p":"vcf","l":"Markers"},{"p":"blbutil","l":"MultiThreadUtils"},{"p":"ints","l":"PackedIntArray"},{"p":"main","l":"Par"},{"p":"phase","l":"ParamEstimates"},{"p":"beagleutil","l":"PbwtDivUpdater"},{"p":"phase","l":"PbwtIbsData"},{"p":"phase","l":"PbwtPhaseIbs"},{"p":"phase","l":"PbwtPhaser"},{"p":"phase","l":"PbwtRecPhaser"},{"p":"beagleutil","l":"PbwtUpdater"},{"p":"main","l":"Pedigree"},{"p":"phase","l":"PhaseBaum1"},{"p":"phase","l":"PhaseData"},{"p":"phase","l":"PhaseLS"},{"p":"vcf","l":"PlinkGenMap"},{"p":"vcf","l":"PositionMap"},{"p":"vcf","l":"RefGT"},{"p":"vcf","l":"RefGTRec"},{"p":"imp","l":"RefHapHash"},{"p":"vcf","l":"RefIt"},{"p":"vcf","l":"RefTargSlidingWindow"},{"p":"vcf","l":"RestrictedGT"},{"p":"vcf","l":"RestrictedVcfWindow"},{"p":"phase","l":"RevPbwtPhaser"},{"p":"main","l":"RunStats"},{"p":"blbutil","l":"SampleFileIt"},{"p":"beagleutil","l":"SampleIds"},{"p":"phase","l":"SamplePhase"},{"p":"vcf","l":"Samples"},{"p":"phase","l":"SampleSeg"},{"p":"vcf","l":"SeqCodedRefGTRec"},{"p":"bref","l":"SeqCoder3"},{"p":"vcf","l":"SlidingWindow"},{"p":"vcf","l":"SplicedGT"},{"p":"phase","l":"Stage2Baum"},{"p":"phase","l":"Stage2Haps"},{"p":"imp","l":"StateProbs"},{"p":"imp","l":"StateProbsFactory"},{"p":"vcf","l":"Steps"},{"p":"blbutil","l":"StringUtil"},{"p":"ints","l":"SynchedIntList"},{"p":"vcf","l":"TargSlidingWindow"},{"p":"beagleutil","l":"ThreadSafeIndexer"},{"p":"bref","l":"UnBref3"},{"p":"ints","l":"UnsignedByteArray"},{"p":"blbutil","l":"Utilities"},{"p":"blbutil","l":"Validate"},{"p":"vcf","l":"VcfHeader"},{"p":"vcf","l":"VcfIt"},{"p":"vcf","l":"VcfMetaInfo"},{"p":"vcf","l":"VcfRec"},{"p":"vcf","l":"VcfRecBuilder"},{"p":"vcf","l":"VcfRecGTParser"},{"p":"vcf","l":"VcfWriter"},{"p":"vcf","l":"Window"},{"p":"main","l":"WindowWriter"},{"p":"ints","l":"WrappedIntArray"},{"p":"vcf","l":"XRefGT"}]